Urodził się w Lipnicy Murowanej koło Bochni (Małopolska) pomiędzy rokiem 1435 a 1440. Ojciec Szymona, Grzegorz, najprawdopodobniej był średnio zamożnym piekarzem. Szymon początkowo uczył się w szkole parafialnej w Lipnicy Murowanej, gdzie otrzymał podstawowe wykształcenie w zakresie czytania, pisania, katechizmu, ministrantury, śpiewu kościelnego oraz łaciny i rachunków. Był uczniem nadzwyczaj pilnym i sumiennym. To zdecydowało, że rodzice postanowili oddać syna na studia do Krakowa. Studia na Akademii Krakowskiej rozpoczął w roku 1454. Wraz z nim zapisali się na studia w Akademii Krakowskiej Zbigniew z Oleśnicy, Jakub z Koniecpola – sławni i zasłużeni potem dla kraju. Szymon zamieszkał w jednej z krakowskich burs, które miały zarazem cel praktyczno-moralny. W bursach uczono się wspólnie przez powtarzanie materiału z wykładów, pod kierunkiem wyznaczonego profesora. Poza tym, ponieważ życie ówczesnych żaków krakowskich było często lekkomyślne i płoche, pełne wesołości, żartowi zabaw, dyscyplinowano ich poprzez surowe i twarde wychowywanie. W1457 r. ukończył fakultet sztuk wyzwolonych z tytułem bakałarza. Miał wówczas do wyboru dalsze studiowanie na jednym z wydziałów Akademii – teologicznym lub medycznym, ewentualnie pracę nauczyciela w szkolnictwie parafialnym. Wybrał zupełnie inną drogę, mianowicie życie klasztorne w nowo założonym konwencie Braci Mniejszych św. Franciszka z Asyżu pod Wawelem, nazwanym od wezwania kościoła św. Bernardyna ze Sieny – konwentem bernardynów. Na pierwsze lata 50. XV w. przypada pobyt w Krakowie i działalność kaznodziejska wielkiego kaznodziei pokutnego – św. Jana Kapistrana. Pod wpływem jego świętości, niezwykłej wymowy i licznych cudów wielu zmieniło swój dotychczasowy styl życia. Niektórzy poszli w ślady świętego i wstąpili do sprowadzonego przez niego do Polski Zakonu Braci Mniejszych, bernardynów. Duża grupa zakonników pochodziła ze środowiska uniwersyteckiego. Maciej z Miechowa podaje w 1521 r. liczbę ponad 100 osób, które wstąpiły wówczas do bernardynów, a jeszcze ok. 30 osób wstąpiło już po wyjeździe Jana Kapistrana z Polski (1454). Do nich należał także Szymon z Lipnicy. Po wstąpieniu do zakonu Szymon odbył roczny nowicjat pod kierunkiem Krzysztofa z Yarisio – włoskiego brata mniejszego (obserwanta), towarzysza św. Jana Kapistrana, który nie wyjechał z Janem na Węgry, ale pozostał jako prowincjał wielonarodowej austriacko-czesko-polskiej prowincji, z siedzibą w Wiedniu. Po rocznym nowicjacie Szymon złożył profesję zakonną i studiował teologię w ramach przygotowania do święceń kapłańskich. Około 1465 r. przyjął święcenia kapłańskie i rozpoczął pracę duszpasterską. Pierwsze kroki skierował do Tarnowa, gdzie był przełożonym klasztoru. Jako gwardian brał udział w kapitule prowincjalnej w Krakowie w 1465 r. Funkcja przełożonego nie odpowiadała mu, dlatego po dwóch latach wrócił do Krakowa, by zostać kaznodzieją w konwencie krakowskim. Tu pozostał przez większą część swego życia. Zasłynął głównie jako świetny kaznodzieja. Kazań, które były na wysokim poziomie teologiczno-moralnym, chętnie słuchali studenci i profesorowie krakowskiej uczelni.
Urząd kaznodziei zajmował wówczas szczególnie zaszczytne miejsce. Godność tę powierzano tylko zakonnikom cieszącym się opinią dobrego życia zakonnego. Istniał nawet przepis, który zabraniał kaznodziei zajmować się jakąkolwiek inną pracą, aby mógł on dobrze przygotować się do głoszenia nauk. Nie mógł nawet spowiadać. Szymon w stylu swojego kaznodziejstwa, a nawet w modulacji głosu, jak również w stosowaniu zwrotów modlitewnych w trakcie kazań, naśladował św. Bernardyna ze Sieny i św. Jana Kapistrana, którego słyszał w młodości jako student Akademii Krakowskiej. Popularność kaznodziejska brata Szymona wypływała również z jego mądrości. Gdy pewnego razu pewien brat z zakonu zapytał go: „Co należy czynić, by być dobrym kaznodzieją?”, Szymon odpowiedział: „ora, labora, despera” – to znaczy: „módl się, pracuj i rozpaczaj.” Ostatnie słowo ma oznaczać rozpaczanie nad własną siłą, aby kaznodzieja, mając gotowe kazanie nie ufał sobie, lecz Bożej opatrzności. Kazania Szymonowe były skuteczne. Ludzie zrywali z grzesznym życiem i jednoczyli się z Bogiem. Inni wstępowali do zakonów, aby tam dążyć do duchowej doskonałości.
Wiek XV był, jak piszą kronikarze, często nawiedzany był przez różne morowe zarazy (epidemie). Rozszerzały się one z wielką szybkością, gdyż leczenie było na bardzo niskim poziomie, a stan sanitarny domostw i ludności był zastraszająco niski. Ludność po przejściu takiej zarazy była zdziesiątkowana. Za życia Szymona takich morów było kilka. „W czasie jednego z nich musiał uchodzić z Krakowa król Kazimierz Jagiellończyk. Dziennie umierało od 40 do 50 ludzi. W czasie zarazy w 1482 r. Szymon nie opuścił Krakowa. Kilkakrotnie przeżywając zarazę, nazywał ją „Jubileuszem” i prosił Boga, aby pozwolił mu umrzeć właśnie w czasie jej trwania. Pragnienie Szymona wkrótce się spełniło. W oktawę święta Nawiedzenia Matki Bożej wygłosił kazanie, po którym zauważono na jego ciele pierwsze oznaki choroby – charakterystyczny, czerwony wrzód na lewej łopatce. Następnego dnia był już koloru czarnego. Szymon zaraził się podczas wyszukiwania chorych w ich domach i niesienia im pomocy. Choroba trwała zaledwie pięć dni. Pomimo otoczenia Szymona troskliwą opieką, choroba postępowała bardzo szybko naprzód. W szóstym dniu j ej trwania około godziny 15.00 zakończył życie. Było to w czwartek 18 lipca 1482 roku. W tym samym dniu odbył się pogrzeb brata Szymona – z powodu zarazy bardzo skromny, bez udziału wiernych, jedynie we wspólnocie braci zakonnych. Ciało Szymona spoczęło, zgodnie z ówczesnym zwyczajem zakonnym w kościele klasztornym pod ołtarzem, pomiędzy szczątkami braci Tymoteusza i Bernardyna (pierwsi należący do konwentu krakowskiego znani ze świątobliwego życia).
Wieść o śmierci brata Szymona rozeszła się szybko po mieście. W niedługim czasie po niej nastąpiły pierwsze uzdrowienia za Jego przyczyną. Pewna kobieta opiekująca się chorymi w szpitalu podczas epidemii, widząc trzech kleryków bliskich śmierci poleciła ich opiece Świętego. Gdy w krótkim czasie powrócili do zdrowia, udali się do grobu Szymona, by podziękować za otrzymaną łaskę. Wiadomość o tym wydarzeniu rozeszła się szybko. Ludzie dotknięci ciężką chorobą z ufnością zwracali się do Szymona o wstawiennictwo do Boga. Do końca 1982 roku zaprotokołowano 151 takich łask. Wśród nadzwyczajnych łask, zdziałanych za przyczyną Szymona, najstarsze źródła wymieniają w sześciu przypadkach przywrócenie do życia zmarłych (1483-1487). W XVII w. zaczęto urzędowe starania o zatwierdzenie kultu, zakończone beatyfikacją Szymona z Lipnicy 24 lutego 1685 r. Z tej racji wyszły niebawem dekrety Kongregacji Obrzędów zezwalające na mszę św. i oficjum brewiarzowe o bł. Szymonie w całej Polsce. Wielką uroczystość beatyfikacyjną zakończyła uroczysta procesja z relikwiami Szymona – z Katedry na Wawelu na Rynek, do kościoła Mariackiego, a stąd ulicą Grodzką do odbudowanego już wówczas kościoła św. Bernardyna, do osobnej bocznej kaplicy bł. Szymona. Relikwie wcześniej od 1655 roku znajdowały się w Katedrze, dokąd zostały przeniesione z obawy przed zbliżającymi się do Krakowa Szwedami.
Wiadomo, że król Jan III Sobieski, jadąc na odsiecz Wiednia (1683), wstąpił do Krakowa i modlił się w Katedrze na Wawelu u grobu św. Stanisława, a następnie przed relikwiami Szymona. Pomimo trudności żywy kult bł. Szymona w Krakowie i Lipnicy Murowanej nie ustawał, co stało się podstawą starań o wznowienie sprawy. Dekretem Kongregacji Obrzędów z 23 czerwca 1948 r. proces kanonizacyjny został wznowiony, aczkolwiek lata 50. i utrudnione kontakty ze Stolicą Apostolską znów go odroczyły. Proces kanonizacyjny na szczeblu diecezjalnym ukończono 19 sierpnia 2000 r. Konsultorzy historycy, współpracujący z Kongregacją do Spraw Świętych w Rzymie wraz z relatorem generalnym sprawy (prowadzącym ją z ramienia Kongregacji), o. Ambrożym Eszerem OP, zatwierdzili w 2005 r. dokumentację o heroiczności cnót (Positio de virtutibus) bł. Szymona, a w roku następnym (2006) lekarze eksperci, działający przy tejże Kongregacji przeprowadzili nostryfikację cudu kanonizacyjnego. Było to cudowne uzdrowienie w 1943 r. Mani Piątek, farmaceutki zamieszkałej w Krakowie, chorej na zator mózgowy, sparaliżowanej i pozbawionej mowy. Ojciec Święty Benedykt XVI wyznaczył datę kanonizacji bł. Szymona z Lipnicy na dzień 3 czerwca 2007 r.